سوف يذهب إيزيو إلى القسطنطينية (إسطنبول حالياً) في الدولة العثمانية في عام 1511 ميلادي، والتي تتكون من أربعة أحياء و هي : قسطنطين (Constantin)، بايزيد (Beyazid)، إمبريال (Imperial) وغالاتا (Galata)، بالإضافة إلى كابادوكيا (Cappadocia) وهي جزء تحت أرض المدينة وينتشر فيها فقط جماعة التمبلرز (فرسان الهيكل). أيضاً توجد مدينة مصياف (مقر الأساسنز القديم في الجزء الأول من السلسلة) والتي سيسافر لها إيزيو في بداية اللعبة. اكتشف إيزيو أن الطائر قام بإخفاء قطع أثرية قديمة داخل القلعة في المصيف قيل أنها سلاح قوي وقادر على إنهاء الحرب بين الأساسنز والتمبلرز (فرسان الهيكل)، وأنه قام بإخفاء المفاتيح في القسطنطينية. يستخدم إيزيو آثار " الحضارة الأولى " (و التي تحدثت معه امرأة منهم في نهاية الجزء الثاني) لاسترجاع ذكريات الطائر ومعرفته ماذا حصل معه.
أيضاً اللعبة ستتابع قصة ديزموند في الوقت الحالي، متابعة أحداث أساسنز كريد: برذرهود حيث سيتم احتجاز ديزموند في داخل جهاز "الأنيمس" في حالة غيبوبة، حيث سيجد نظام آمن يسمى " الغرفة السوادء". في الغرفة السوداء يتوجب على ديزموند تجميع " اللاوعي المنقسم " ليستعيد حالة الوعي. أطلقت يوبي سوفت عرضاً يشير إلى أن هذه هي المرة الأخيرة التي سيكون فيها الطائر وإيزيو بطلين للعبة. خلال اللعبة سيقابل إيزيو العديد من الشخصيات التاريخية مثل : مانويل باليولوج (Manuel Palaiologos) وريث الإمبراطورية البيزنطية المنهارة وهو تمبلر (أي من فرسان الهيكل) بيزنطي، والذي سوف يترصد في الخفاء في مدينة القسطنطينية، والأمير سليمان (سليمان القانوني) وهو الرجل الذي سيصبح من أعظم سلاطين الدولة العثمانية وشاهزاد أحمد (Şehzade Ahmet) عم سليمان.