تبدأ اللعبة بالشخصية الرئيسية "جاك" أحد الركاب على متن طائرة سقطت في المحيط الأطلسي.[1] كونه الناجي الوحيد، يشق جاك طريقه إلى منارة مجاورة التي تحتوي على محظ غواصات تأخذه إلى "رابتشر" وهي مدينة تحت الماء. يتواصل شخص اسمه "أطلس" عبر الراديو مع جاك ويرشده إلى بر الأمان بعيدا عن المخلوقات البشرية الغريبة التي دمرت المدينة وتنتشر فيها ويطلب منه مساعدته في إيقاف شخص اسمه "أندرو ريان" وهو الذي بنى المدينة ومسؤول عما يجري.