قصة اللعبة سوف تجري في فترتين زمنيتين مختلفتين، ففي الفترة الأولى وهي الماضي (في فترة 1980 بعد إنتهاء الحرب الباردة) سوف تلعب أنت دور بطل الجزء السابق Alex Mason الذي اضطر أن يعود من تقاعده إلى ساحات الحروب من أجل إنقاذ صديقه السابق Woods من قبل أيادي الإهاربين، أو بالأحرى من أيدي أخطر شخصية مرت على عالم السلسلة وهو بالتأكيد الشخصية الشريرة في هذا الجزء Raul Menendez.
وفي الفترة الثانية وهي أحداث الحاضر في اللعبة (في الحقيقة في المستقبل حيث أن الأحداث في العام 2025) سوف تلعب أنت دور البطل الجديد في السلسلة David Mason إبن البطل السابق Alex، في أحداث حرب باردة جديدة! سوف يقوم David بزيارة صديق والدة الراحل Woods في المشفى، وذلك لمعرفة خفايا الماضي والسر الذي يخفية Woods عن David وما علاقتة بـRaul Menendez الذي سوف يشكل أكبر خطر مر على العالم في تلك الفترة. لن أتحدث عن المزيد من أحداث القصة لأني على مايبدو قد حرقت بعضها عليكم، لكن انتظروا هناك المزيد!
كنوع من التجديد في طرح القصة قامت Treyarch بإضافة ولأول مرة بسلسلة كول أوف دوتي إمكانية اختيار مسارك الخاص في القصة! بمعنى أن أحداث اللعبة سوف تكون من اختيارك، ففي بعض المقاطع في اللعبة سيتوجب عليك اتخاذ قرارات مصيرية، وهذا القرار سيغير بعض أحداث اللعبة في المستقبل، مما يجعل اللعبة تقدم تجربة شخصية رائعة وفريدة من نوعها.